Тема: Сообщения о загрузках и планах следующих порций

Новости науки загружены

Следующие будут примерно через 7-8 дней.
Возможно в этом промежутке комментарии по размещенному сегодня будут, но  в другой теме этого раздела.

Re: Сообщения о загрузках и планах следующих порций

Здесь был долгий перерыв, сейчас просматриваю новости, сохраненные в браузере и думаю, что размещать. Вероятно все таки загружать буду завтра. Просмотрела кроме прочего Нобелевские премии и упрощенное изложение их сути в СМИ.

BBC как обычно круче всех, просто апофигей структурированного бреда в лучших традициях "британские ученые открыли что...", оказывается рецепторы это у нас гены, а ни капельки не

объединение из терминалей (нервных окончаний) дендритов чувствительных нейронов, глии

а гены  -  не побоюсь этого слова из белков
https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/6c/Peptide_bonding.gif

состоят судя по тексту, а ни фига не из нуклеотидов,

https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b2/DNA_chemical_structure_2.svg/1920px-DNA_chemical_structure_2.svg.png

может он думает, что белки и аденозин, цитидин, гуанозин и тимидин типа  это тоже один хрен как рецепторы и гены.

Тут прямо открытие на открытии, кореспонденту надо  думаю тоже какую то премию выдать:

https://www.bbc.com/russian/news-58788418

Белок, ответственный за ощущение холода, оба лауреата открыли почти одновременно, в 2002 году. А вот с протеином, обеспечивающим ощущение физического прикосновения, Ардему Патапутяну не повезло. Профессор составил список из 72 генов - потенциальных кандидатов на роль осязательного рецептора - и начал отключать их один за другим, проверяя, не пропало ли осязание. Нужный ген оказался последним, 72-м.


Мне до этого момента казалось в рецепторах белки в ионных каналах регулируют синапсные связи нейронов. Ионные онные каналы синапсов в свою очередь в мембранах внешнего периметра клетки находятся.

https://cf.ppt-online.org/files/slide/t/tZ0LDPG8i6wYJV1cnXsIU3KNFmxl9yE7eSOMrk/slide-21.jpg



А ДНК есть в ядре клетки и в митохондриях.

https://estestvoznanye.ru/sites/default/files/dnk-4.jpg


Ну у тех тоже есть мембраны:

https://dogcatdog.ru/wp-content/uploads/c/5/d/c5dfd8eb7a9a16fac5e10778156d05c2.jpg


мембрана митохондрий
https://myslide.ru/documents_7/2adb2332bcd4e06fd644045b1a8e87e7/img26.jpg

но синапсных связей там нет.


Пойду забудусь сном. Завтра буду разбираться, может я вообще не в той Вселенной биофизику сдавала, а тут уже все переиграли давно, и я просто ничего не понимаю в апельсинах. Как можно путем вырубания гена вычислить белок ионного канала мембраны внешнего периметра клетки, ответственный за рецепторную деятельность. Не понимаю.


где терминали, а где ядро (отдельно терминали дендритов не нашла, но из картинки ясно, что по аналогии с терминалью аксона это разветвление нервной клетки(нейрона) и  связь синапса находится на внешней мембране клетки.

https://med-atlas.ru/wp-content/uploads/2017/12/stroenie-neyronov-shema.jpg


Или он что то хотел сказать другое, но потом сократил.

Или я чего то важного не знаю, может открытие более подробно где-то описано.

3 (2021-10-13 13:17:56 отредактировано DoctorLector)

Re: Сообщения о загрузках и планах следующих порций

Вы бы еще комсомольскую правду почитали. Желтая пресса как раз лучший способ узнать о методах исследований нобелевских лауреатов.

Советую статью на Элементах

https://elementy.ru/novosti_nauki/43387 … tsine_2021


В 2012 году группой Патапутяна было подтверждено предположение, что белки PIEZO формируют пору (ионный канал) в мембранах клеток млекопитающих (B. Coste et al., 2012. Piezos are pore-forming subunits of mechanically activated channels). Оказалось, что каждая пора состоит из трех одинаковых молекул белка, но при этом сами белки не имеют жесткой предсказываемой структуры. Предполагается наличие 16–18 гидрофобных участков, пронизывающих мембрану.


Рис. 4. Модель структуры белка PIEZO1 построенная на основе данных, полученных при помощи криогенной электронной микроскопии. А — вид с наружной (слева) и с внутренней стороны мембраны на полный рецептор, образуемый тремя одинаковыми молекулами белка PIEZO1. В рецепторе можно выделить центральную область, в которой, собственно, и находится пора для тока ионов, и периферические лопасти (Blade). С внутренней стороны лопасти поддержаны структурами типа балок (Beam). В — схематическое изображение топологии рецептора в мембране при виде сбоку. На рисунке показаны две субъединицы порового комплекса. В каждой субъединице можно выделить несколько структурных участков-доменов: центральная часть рецептора образована из C-концевого внеклеточныго домена (CED), внутренней и внешней спиралей (IH, OH), C-концевого домена (CTD); периферическая часть рецептора включает якорный домен (Anchor) и периферические спирали (PH), формирующие боковые лопасти и балки. Показано, как рецептор меняет конфигурацию в процессе активации при деформации мембраны вследствие механического воздействия. Неактивному состоянию рецептора соответствует голубой цвет, активированному — оранжевый. С — линейная схема взаимного расположения указанных выше доменов в молекуле белка. Рисунок статьи J. Ge et al., 2015. Architecture of the mammalian mechanosensitive Piezo1 channel


Про выключение генов в отношении этого рецептора там нет ничего, но метод такой есть


Я не вижу в тексте BBC чтобы кто-то утверждал, что гены состоят из белков. Белки работают как ворота ионных каналов в рецепторах как написано вами

в мембране внешнего периметра клетки

хотя первый раз вижу, чтобы кто-то ее так называл но да ладно,

В ДНК гены включают механизм создания белков для всей клетки, белки там на каждом шагу, не только в мембранах. Методов выключения блоков ДНК(генов) или наоборот их активации много, в статье Элементов есть один, на этом сайте

https://biomolecula.ru/articles/trogate … tsine-2021

картинку перевели:

https://biomolecula.ru/img/content/3255/3255-01.kapsaicin-i-TRPV1.png

Журналист склеил фразу при сокращении, русский язык знает плохо, перепутал метод из первого открытия вставив его во второй, как я понял. В такой прессе никто механизмами открытия не интересуется, это газета для гламурных болонок, почитайте не раздел  russian а корень сайта -  bbc.com.  В русском разделе еще неплохой уровень интересов.


И пока вы не написали монографию на тему "вред Пендостана и наглосаксов вообще в искривлении оптимальной линии развития человечества" советую поинтересоваться как ливанец, обучавшийся в Американском университете Бейрута

https://ru.wikipedia.org/wiki/Патапутян,_Ардем

заработал нобелевку

И кто этот университет там создал

https://ru.wikipedia.org/wiki/Американс … ет_Бейрута

Re: Сообщения о загрузках и планах следующих порций

Да, спасибо, я уже вспомнила про методы выключения генов, просмотрела сегодня утром на свежую голову. И мы эти методики проходили и в курсе биофизики. Просто забыла за последние полгода, слишком много пришлось перелопатить медицинских справочников по конкретным нарушениям метаболизма, это забило весь верхний активный слой памяти.

Но у Вас приведена картинка которая хорошо показывает связь генного механизма с работой ионных каналов, только это не один из методов выключения генов, который используют обычно в практике исследователи, если Вы ее как пример такого хотели привести.

Это, если я правильно понимаю, показ естественного генного механизма блокировки канала при повышении температуры и следующий за ним сигнал боли, типа чтобы конечность отдернуть от горячего предмета в типичном распространенном в естественной среде случае:

Дальнейшие эксперименты показали, что этот ген кодирует новый ионный канал, позже названный TRPV1. Его функция — определение и регуляция температуры тела, а также восприятие жгучей боли, связанной с воспалением в периферических тканях [10]. Исследовали его способность реагировать на тепло, и выяснили, что этот канал начинает пропускать ионы при температуре выше 43 °C: именно в этот момент мы начинаем чувствовать боль [11]. Проверить это несложно: сидя в ванной, включите горячую воду; а когда будет уже невтерпеж, измерьте температуру.


А так вообще большое спасибо за наглядную картину как это работает. Про BBC придерживаюсь похожего мнения, про Пиндостан и наглосаксов - не планирую
smile

Там масса положительных вещей, просто считаю, что они слишком увлеклись и их явно не туда несет с очень большой скоростью. Это не значит, что нас несет туда, куда надо, но мне как то этот путь ближе кажется к оптимальному. Это мое личное предвзятое мнение, увешанное эмоциональными причинами по полной программе, конечно.

5 (2021-10-14 17:41:09 отредактировано zotov)

Re: Сообщения о загрузках и планах следующих порций

DoctorLector пишет:

Журналист склеил фразу при сокращении, русский язык знает плохо, перепутал метод из первого открытия вставив его во второй, как я понял.


Я бы не сказал, что методы одного исследования журналистом вклеены в другое. В статье Элементов

https://elementy.ru/novosti_nauki/43387 … tsine_2021


Еще один важный класс рецепторов, который был открыт и изучен в работах лауреатов — это так называемые механорецепторы, реагирующие на давление или другие виды механического воздействия (как внешнего, так и внутреннего). По крайней мере для животных белки с функцией механорецепторов впервые были идентифицированы в 2010 году группой Патапутяна (B. Coste et al., 2010. Piezo1 and Piezo2 Are Essential Components of Distinct Mechanically Activated Cation Channels). У позвоночных их оказалось два: PIEZO1 и PIEZO2 (открытие было сделано на культуре мышиных нейробластов). У большинства видов, впрочем, обнаруживается только один этих гомологов. Гомологичный им белок был выявлен, между прочим, и у растений (в частности, на клетках корневого чехлика, см. S. A. R. Moustavi et al., 2021. PIEZO ion channel is required for root mechanotransduction in Arabidopsis thaliana), а также у одноклеточных эукариот. Вместе с тем белки PIEZO не имеют признаков гомологии с некоторыми другими белками-механорецепторами, выявленными намного раньше у бактерий и архей.

есть ссылка на эту работу 2010 по механорецепторам:

https://www.science.org/lookup/doi/10.1 … ce.1193270

Там доступен только текст аннотации,

Идентифицированы Механические Рецепторы

Хотя многие клетки, по—видимому, реагируют на механическую стимуляцию за счет повышенной проводимости ионных каналов в плазматической мембране, фактические каналы, которые опосредуют эти эффекты—которые важны в различных процессах, от слуха и осязания до контроля кровяного давления, - остаются неуловимыми. Косте и др. (стр. 55, опубликовано в Интернете 2 сентября) использовали РНК-интерференцию для систематического снижения экспрессии генов-кандидатов в клеточной линии нейробластомы мыши и идентифицировали два гена, кодирующих белки, Пьезо1 и Пьезо2, которые необходимы для механически стимулированной проводимости катионов в этих клетках и в культивируемых нейронах ганглиев дорсального корня. Подобные белки экспрессируются у целого ряда видов-от простейших до позвоночных. Белки не похожи на известные порообразующие белки и, следовательно, могут быть необычными каналами или регуляторными компонентами комплекса каналов.


Аннотация


Механические стимулы управляют многими физиологическими процессами, включая осязание и болевые ощущения, слух и регуляцию кровяного давления. Активность катионных каналов с механической активацией (МА) была зарегистрирована во многих клетках, но ответственные молекулы не были идентифицированы. Мы охарактеризовали быстро адаптирующийся ток МА в клеточной линии нейробластомы мыши. Профилирование экспрессии и нокдаун РНК-интерференции генов-кандидатов, идентифицированных Piezo1 (Fam38A)  необходимы для токов МА в этих ячейках. Пьезо1 и связанного с ним Пьезо2 (Fam38B) - это многопроходные трансмембранные белки позвоночных с гомологами у беспозвоночных, растений и простейших. Чрезмерная экспрессия Пьезо1 или Пьезо2 мыши вызвала два кинетически различных тока MA. Пьезо экспрессируются в нескольких тканях, и разрушение Пьезо2 в нейронах дорсальных корневых ганглиев специально снижает быстро адаптирующиеся токи МА. Мы предполагаем, что пьезоэлементы являются компонентами катионных каналов МА.


Но уже по нему видно, что метод в газете описан тот ,просто неверно, ген во фразе журналиста приравнен в рецептору, или русский и правда плохо знаком или гены от рецепторов человек отличить не может. Думаю это дело десятое, что сказал какой то безграмотный и в чем конкретно его профнепригодность научного журналиста проявлена.

Намного интереснее другое. Как происходит связь экспрессии генов с этими конкретными белками. Насколько видно в последних исследованиях, описанных в статье Элементов


И, наконец, только в 2016 году этой же научной группой было окончательно доказано, что стимулом для активации ионного канала, образованного белками PIEZO, является непосредственно деформация билипидного слоя мембраны, а не какие-то дополнительные молекулы-посредники (R. Syeda et al., 2016. Piezo1 channels are inherently mechanosensitive).


https://elementy.ru/images/news/nobel_prize_2021_physiology_5_703.jpg


Конечно белки вообще непрерывно возникают и распадаются в клетке, у некоторых белков-ферментов время жизни измеряется долями секунд.

В статье не указано, что вторые открытия 2016 года отменяют первые 2010. Значит ли это, что время жизни белков-ворот в ионных каналах тоже краткосрочно? Из статьи Элементов это не понятно, там взаимосвязи явлений экспрессии генов, кодирующих белки и их последующей работы как единого каскада процессов нет, просто отдельные описания отдельных явлений. 

Премия вероятно дана за весь каскад этих пошаговых исследований. Может быть вся цепочка реакций еще не ясна?

6 (2021-11-04 16:28:30 отредактировано DoctorLector)

Re: Сообщения о загрузках и планах следующих порций

zotov пишет:

Я бы не сказал, что методы одного исследования журналистом вклеены в другое

Да, я не разобрался с разбега написал.

zotov пишет:

Может быть вся цепочка реакций еще не ясна?

Цепочка ясна вся не будет, никакой цепочки там нет. Есть сразу толпа реакций, которые происходят одновременно в этой и соседних клетках и до кучи во всем остальном теле. Все это толкает каждый следующий шаг. Можно только выяснить кто очень сильно толкает а кто не очень. Если все выяснять точно нужно энергетический баланс каждой реакции построить и посчитать математическую модель пошагово для каждой миллисекунды. Можно отбросить периферию, далеко стоящие от эпицентра событий клетки, но так как их много они в сумме могут дать в балансе энергии влияния больше чем эпицентр. Если успеют добежать сигналом, скорость его не бесконечная плюс масса барьеров  на пути, плюс сигнал ПД может вообще быть направлен в противоположную сторону от эпицентра.

Короче говоря вся цепочка  - это расчет энергетического состояния каждого атома в каждый момент времени и его динамика и направление перераспределения энергии на протяжении всего времени реакции на боль или тактильное действие. Лет через 100 может ... на квантовом процессоре